食品微生物檢驗方法是食品質量管理必不可少的重要組成部分，它是貫徹“預防為主”的方針，可以有效地防止或者減少食物人畜共患病的發(fā)生，保障人民的身體健康。食品微生物檢驗是衡量食品衛(wèi)生質量的重要指標之一，也是判定被檢食品是否食用的科學依據之一。通過食品微生物檢驗，可以判斷食品加工環(huán)境及食品衛(wèi)生情況，能夠對食品被細菌污染的程度作出正確的評價，為各項衛(wèi)生管理工作提供科學依據
        國內外開展微生物檢驗的食品種類較多，食品分類方法也不盡相同。總的來看涉及微生物檢驗的食品種類主要有：奶制品、預烹煮食品、飲用水、蛋制品、水果、谷物、嬰幼兒食品、肉及肉制品、軟體動物、禽肉、貝類、白明膠、香草（藥）、即食食品、罐頭食品、調味品，粉類制品、豆制品、冷凍飲品、糖果、海鮮、甜點、蔬菜、藻類、食療食品、米面制品等。
        我國開展微生物檢驗的重點食品種類為：奶制品、罐頭食品、調味品、蛋制品、淀粉類制品、發(fā)酵和非發(fā)酵性豆制品、冷凍飲品、糖果、飲用天然礦泉水等，其中食糖以及保健品的微生物檢驗為我國所獨有。
        目前，我國衛(wèi)生部頒布的食品微生物指標有菌落總數(shù)、大腸菌群和致病菌3項。
        菌落總數(shù)是指食品檢樣在嚴格規(guī)定的條件下（樣品處理、培養(yǎng)基及其pH值、培養(yǎng)溫度與時間、計數(shù)方法等）培養(yǎng)后，單位重量(g)、容積(mL)或表面積(cm2)上，所生成的細菌菌落總數(shù)。
        腸桿菌科的埃希氏菌屬，檸檬酸桿菌屬，腸桿菌屬和克雷伯菌屬統(tǒng)稱為大腸菌群 。它們均來自人或溫血動物腸道，不形成芽孢，在35－37℃條件下發(fā)酵乳糖產酸產氣的革蘭氏陰性桿菌。這些細菌是寄居于人及溫血動物腸道內的常居菌，它隨著大便排出體外。食品中如果大腸菌群數(shù)越多，說明食品受糞便污染的程度越大。故以大腸菌群作為糞便污染食品的衛(wèi)生指標來評價食品的質量，具有廣泛的意義